Căn cứ: Khoản 1, Điều 21, Thông tư số 92/2015/TT-BTC
“Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân và quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho các cá nhân có ủy quyền không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân không phát sinh trả thu nhập thì không phải khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân.”
Theo đó:
Chi nhánh ký HĐLĐ với người lao động nhưng Công ty trả lương thì phải khai thuế TNCN
Nếu doanh nghiệp ủy quyền cho Chi nhánh ký hợp đồng lao động với người lao động nhưng Doanh nghiệp trực tiếp chi trả tiền lương cho người lao động thì Doanh nghiệp phải có trách nhiệm khấu trừ, nộp thuế và quyết toán thuế TNCN thay cho các cá nhân có ủy quyền quyết toán thuế.
Nguồn: Công văn 4100/TCT-CS, ngày 09/09/2016
Ngoài ra trong công văn còn hướng dẫn về thuế GTGT, thuế TNDN đối với đơn vị hạch toán phụ thuộc